本站原创论文查重率自主研发的动态指纹越级扫描查重技术，已经领先于国内外其它查重系统所用技术，成为了论文抄袭查重技术的领导者。
本篇是一篇免费的和重复率查重相关的注意事项,可以做为论文相似度查重研究。
一、什么是基因组杂合率
杂合性是指某一个位点上含有一对及其以上的不同的等位基因。基因组杂合率则是这些等位基因在基因组中所占的比率。
二、GenomeScope0评估基因组大小和杂合度和重复序列
GenomeScope 是2023年发表在 bioinformatic 的一个工具,这个工具的目的就是处理一些高复杂度的基因组,比如说高杂合度或者基因组非常大的物种。GenomeScope只能预测二倍体基因组,GenomeScope 2.0可以预测多倍体物种。
安装。
在软件的安装目录下, genomescopre.R 文件是核心的运行脚本,用法如下。
可选参数:
i input histogramfile (from KMC or jellyfish) ,如jellyfish软件产生的kmer频数分布数据
o outputdir
k kmer length used to calculate kmer spectra default 21 。
必选参数:
p PLOIDY, ploidy PLOIDY ploidy (1, 2, 3, 4, 5, or 6) for model to use default 2 ;
m MAXKMERCOV, maxkmercov MAXKMERCOV optional maximum kmer coverage threshold (kmers with coverage greater than maxkmercov are ignored by the model) ;
n NAMEPREFIX, nameprefix NAMEPREFIX optional nameprefix for output files ;
l LAMBDA, lambda LAMBDA, kcov LAMBDA, kmercov LAMBDA optional initial kmercov estimate for model to use 。
示例。
在运行过程中,终端会输出如下信息。
het 表示杂合度,为1.65%； len 表示基因组大小,为376M左右。
输出目录outputp3文件列表如下。
通常关注 cLeverschOol.comsummary.txt, tranormedlinearplot.png这2个文件。
内容如下。
在该文件中,会给出杂合度,基因组大小,重复片段长度等详细信息。
结果分为三列。
有疑问,可以对照模型进行检验。
Kmer覆盖度频数分布图如下。
kcov指的是杂合峰的覆盖度。可以看到使用数据预测Kmer最低深度峰在18.4X处。 一般情况下杂合度大于1%就会存在一个高于主峰的杂合峰。
基因组越大,杂合度也大,重复片段越大,该物种的组装难度就越大。
讨论:
基因组预测大小和参数 Max kmer coverage 密切相关。GenomeScope默认会过滤掉出现10,000次以上的kmers,避免细胞器基因组的影响,如果你认为基因组小了,那么就把数值调整的大一点。
基因组survey介绍了如何通过jellyfish统计kmer然后绘制kmer分布图研究基因组的方法。
对于不同的基因组杂合度,kmer分布如下。
githubtbeni1genomescope2.0 。
三、GenomeScope0评估基因组大小和杂合度和重复序列
GenomeScope 是2023年发表在 bioinformatic 的一个工具,这个工具的目的就是处理一些高复杂度的基因组,比如说高杂合度或者基因组非常大的物种。GenomeScope只能预测二倍体基因组,GenomeScope 2.0可以预测多倍体物种。
安装。
在软件的安装目录下, genomescopre.R 文件是核心的运行脚本,用法如下。
可选参数:
i input histogramfile (from KMC or jellyfish) ,如jellyfish软件产生的kmer频数分布数据
o outputdir
k kmer length used to calculate kmer spectra default 21 。
必选参数:
p PLOIDY, ploidy PLOIDY ploidy (1, 2, 3, 4, 5, or 6) for model to use default 2 ;
m MAXKMERCOV, maxkmercov MAXKMERCOV optional maximum kmer coverage threshold (kmers with coverage greater than maxkmercov are ignored by the model) ;
n NAMEPREFIX, nameprefix NAMEPREFIX optional nameprefix for output files ;
l LAMBDA, lambda LAMBDA, kcov LAMBDA, kmercov LAMBDA optional initial kmercov estimate for model to use 。
示例。
在运行过程中,终端会输出如下信息。
het 表示杂合度,为1.65%； len 表示基因组大小,为376M左右。
输出目录outputp3文件列表如下。
通常关注 cLeverschOol.comsummary.txt, tranormedlinearplot.png这2个文件。
内容如下。
在该文件中,会给出杂合度,基因组大小,重复片段长度等详细信息。
结果分为三列。
有疑问,可以对照模型进行检验。
Kmer覆盖度频数分布图如下。
kcov指的是杂合峰的覆盖度。可以看到使用数据预测Kmer最低深度峰在18.4X处。 一般情况下杂合度大于1%就会存在一个高于主峰的杂合峰。
基因组越大,杂合度也大,重复片段越大,该物种的组装难度就越大。
讨论:
基因组预测大小和参数 Max kmer coverage 密切相关。GenomeScope默认会过滤掉出现10,000次以上的kmers,避免细胞器基因组的影响,如果你认为基因组小了,那么就把数值调整的大一点。
基因组survey介绍了如何通过jellyfish统计kmer然后绘制kmer分布图研究基因组的方法。
对于不同的基因组杂合度,kmer分布如下。
githubtbeni1genomescope2.0 。
四、基因组序列复杂性的指标包括哪些内容
大体上可以概括为六点:解析未培养微生物；土壤污染修复；畜禽养殖除臭；鉴定新物种；研究微生物种群与群落复杂性；研究物种进化模式。
简而言之:本文是论文重复率检测有关的技巧,可用于检测相关的研习。